WGBS与ChIP-Seq为什么需要放在同一研究语境里阅读
一个描述甲基化状态，一个观察蛋白质与DNA的结合；真正困难的是让样本、坐标与条件对齐。
两种方法分别测量什么
WGBS提供碱基分辨率的甲基化信息，ChIP-Seq描述特定蛋白质相关的富集区域，这项判断用于“两种方法分别测量什么”的1.1-1记录。把两者对齐时，样本条件和坐标系统比图形颜色更重要，这项判断用于“这一点”的1.1-2记录。大型文件传输后使用校验值确认完整性，这项判断用于“这一点”的1.1B-1记录。同步工具显示完成，不代表每个文件内容都与来源一致，这项判断用于“这一点”的1.1B-2记录。先固定一项真实任务，再记录输入、操作和结果，避免同时改变客户端、账号与数据目录，这是“这一点”第1.1项验证动作。在实际研究中，第1组证据的第1项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
分析流程应分别保存原始数据、质控结果、对齐文件、峰值或甲基化调用结果，以及最终合并表，这项判断用于“这一点”的1.2-1记录。每一层都要能回到前一层，这项判断用于“这一点”的1.2-2记录。交接记录要写明完成事项、未完成事项、异常和下一位负责人，这项判断用于“这一点”的1.2B-1记录。让别人能够继续工作，比留下更多没有解释的文件更重要，这项判断用于“这一点”的1.2B-2记录。比较前写明物种、细胞语境、实验方法和基因组版本，无法对齐的资料保持分开，这是“这一点”第1.2项验证动作。在实际研究中，第1组证据的第2项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
联合分析可以提出更具体的问题，但不能自动证明甲基化导致结合变化，这项判断用于“这一点”的1.3-1记录。需要实验设计、对照与独立验证来缩小解释范围，这项判断用于“这一点”的1.3-2记录。原始数据保持只读，派生结果按流程与版本存放，这项判断用于“这一点”的1.3B-1记录。样本表连接实验编号、文件名称、处理条件和负责人，是跨设备工作的核心索引，这项判断用于“这一点”的1.3B-2记录。复核时让另一位协作者沿记录找到来源、重复关键步骤，并标出仍然不能确认的部分，这是“这一点”第1.3项验证动作。在实际研究中，第1组证据的第3项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
样本和细胞系必须对应
分析流程应分别保存原始数据、质控结果、对齐文件、峰值或甲基化调用结果，以及最终合并表，这项判断用于“样本和细胞系必须对应”的2.1-1记录。每一层都要能回到前一层，这项判断用于“这一点”的2.1-2记录。交接记录要写明完成事项、未完成事项、异常和下一位负责人，这项判断用于“这一点”的2.1B-1记录。让别人能够继续工作，比留下更多没有解释的文件更重要，这项判断用于“这一点”的2.1B-2记录。比较前写明物种、细胞语境、实验方法和基因组版本，无法对齐的资料保持分开，这是“这一点”第2.1项验证动作。在实际研究中，第2组证据的第1项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
联合分析可以提出更具体的问题，但不能自动证明甲基化导致结合变化，这项判断用于“这一点”的2.2-1记录。需要实验设计、对照与独立验证来缩小解释范围，这项判断用于“这一点”的2.2-2记录。原始数据保持只读，派生结果按流程与版本存放，这项判断用于“这一点”的2.2B-1记录。样本表连接实验编号、文件名称、处理条件和负责人，是跨设备工作的核心索引，这项判断用于“这一点”的2.2B-2记录。复核时让另一位协作者沿记录找到来源、重复关键步骤，并标出仍然不能确认的部分，这是“这一点”第2.2项验证动作。在实际研究中，第2组证据的第2项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
WGBS提供碱基分辨率的甲基化信息，ChIP-Seq描述特定蛋白质相关的富集区域，这项判断用于“这一点”的2.3-1记录。把两者对齐时，样本条件和坐标系统比图形颜色更重要，这项判断用于“这一点”的2.3-2记录。大型文件传输后使用校验值确认完整性，这项判断用于“这一点”的2.3B-1记录。同步工具显示完成，不代表每个文件内容都与来源一致，这项判断用于“这一点”的2.3B-2记录。如果更新或分析失败，先恢复到已经确认的版本，再根据日志逐项缩小问题范围，这是“这一点”第2.3项验证动作。在实际研究中，第2组证据的第3项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
基因组坐标怎样对齐
联合分析可以提出更具体的问题，但不能自动证明甲基化导致结合变化，这项判断用于“基因组坐标怎样对齐”的3.1-1记录。需要实验设计、对照与独立验证来缩小解释范围，这项判断用于“这一点”的3.1-2记录。原始数据保持只读，派生结果按流程与版本存放，这项判断用于“这一点”的3.1B-1记录。样本表连接实验编号、文件名称、处理条件和负责人，是跨设备工作的核心索引，这项判断用于“这一点”的3.1B-2记录。复核时让另一位协作者沿记录找到来源、重复关键步骤，并标出仍然不能确认的部分，这是“这一点”第3.1项验证动作。在实际研究中，第3组证据的第1项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
WGBS提供碱基分辨率的甲基化信息，ChIP-Seq描述特定蛋白质相关的富集区域，这项判断用于“这一点”的3.2-1记录。把两者对齐时，样本条件和坐标系统比图形颜色更重要，这项判断用于“这一点”的3.2-2记录。大型文件传输后使用校验值确认完整性，这项判断用于“这一点”的3.2B-1记录。同步工具显示完成，不代表每个文件内容都与来源一致，这项判断用于“这一点”的3.2B-2记录。如果更新或分析失败，先恢复到已经确认的版本，再根据日志逐项缩小问题范围，这是“这一点”第3.2项验证动作。在实际研究中，第3组证据的第2项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
分析流程应分别保存原始数据、质控结果、对齐文件、峰值或甲基化调用结果，以及最终合并表，这项判断用于“这一点”的3.3-1记录。每一层都要能回到前一层，这项判断用于“这一点”的3.3-2记录。交接记录要写明完成事项、未完成事项、异常和下一位负责人，这项判断用于“这一点”的3.3B-1记录。让别人能够继续工作，比留下更多没有解释的文件更重要，这项判断用于“这一点”的3.3B-2记录。完成后记录负责人、时间、工具版本和下一次检查条件，让结果能进入后续研究，这是“这一点”第3.3项验证动作。在实际研究中，第3组证据的第3项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
峰值不等于直接机制
WGBS提供碱基分辨率的甲基化信息，ChIP-Seq描述特定蛋白质相关的富集区域，这项判断用于“峰值不等于直接机制”的4.1-1记录。把两者对齐时，样本条件和坐标系统比图形颜色更重要，这项判断用于“这一点”的4.1-2记录。大型文件传输后使用校验值确认完整性，这项判断用于“这一点”的4.1B-1记录。同步工具显示完成，不代表每个文件内容都与来源一致，这项判断用于“这一点”的4.1B-2记录。如果更新或分析失败，先恢复到已经确认的版本，再根据日志逐项缩小问题范围，这是“这一点”第4.1项验证动作。在实际研究中，第4组证据的第1项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
分析流程应分别保存原始数据、质控结果、对齐文件、峰值或甲基化调用结果，以及最终合并表，这项判断用于“这一点”的4.2-1记录。每一层都要能回到前一层，这项判断用于“这一点”的4.2-2记录。交接记录要写明完成事项、未完成事项、异常和下一位负责人，这项判断用于“这一点”的4.2B-1记录。让别人能够继续工作，比留下更多没有解释的文件更重要，这项判断用于“这一点”的4.2B-2记录。完成后记录负责人、时间、工具版本和下一次检查条件，让结果能进入后续研究，这是“这一点”第4.2项验证动作。在实际研究中，第4组证据的第2项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
联合分析可以提出更具体的问题，但不能自动证明甲基化导致结合变化，这项判断用于“这一点”的4.3-1记录。需要实验设计、对照与独立验证来缩小解释范围，这项判断用于“这一点”的4.3-2记录。原始数据保持只读，派生结果按流程与版本存放，这项判断用于“这一点”的4.3B-1记录。样本表连接实验编号、文件名称、处理条件和负责人，是跨设备工作的核心索引，这项判断用于“这一点”的4.3B-2记录。先固定一项真实任务，再记录输入、操作和结果，避免同时改变客户端、账号与数据目录，这是“这一点”第4.3项验证动作。在实际研究中，第4组证据的第3项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
重复实验与阈值选择
分析流程应分别保存原始数据、质控结果、对齐文件、峰值或甲基化调用结果，以及最终合并表，这项判断用于“重复实验与阈值选择”的5.1-1记录。每一层都要能回到前一层，这项判断用于“这一点”的5.1-2记录。交接记录要写明完成事项、未完成事项、异常和下一位负责人，这项判断用于“这一点”的5.1B-1记录。让别人能够继续工作，比留下更多没有解释的文件更重要，这项判断用于“这一点”的5.1B-2记录。完成后记录负责人、时间、工具版本和下一次检查条件，让结果能进入后续研究，这是“这一点”第5.1项验证动作。在实际研究中，第5组证据的第1项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
联合分析可以提出更具体的问题，但不能自动证明甲基化导致结合变化，这项判断用于“这一点”的5.2-1记录。需要实验设计、对照与独立验证来缩小解释范围，这项判断用于“这一点”的5.2-2记录。原始数据保持只读，派生结果按流程与版本存放，这项判断用于“这一点”的5.2B-1记录。样本表连接实验编号、文件名称、处理条件和负责人，是跨设备工作的核心索引，这项判断用于“这一点”的5.2B-2记录。先固定一项真实任务，再记录输入、操作和结果，避免同时改变客户端、账号与数据目录，这是“这一点”第5.2项验证动作。在实际研究中，第5组证据的第2项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
WGBS提供碱基分辨率的甲基化信息，ChIP-Seq描述特定蛋白质相关的富集区域，这项判断用于“这一点”的5.3-1记录。把两者对齐时，样本条件和坐标系统比图形颜色更重要，这项判断用于“这一点”的5.3-2记录。大型文件传输后使用校验值确认完整性，这项判断用于“这一点”的5.3B-1记录。同步工具显示完成，不代表每个文件内容都与来源一致，这项判断用于“这一点”的5.3B-2记录。比较前写明物种、细胞语境、实验方法和基因组版本，无法对齐的资料保持分开，这是“这一点”第5.3项验证动作。在实际研究中，第5组证据的第3项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
适合怎样的研究问题
联合分析可以提出更具体的问题，但不能自动证明甲基化导致结合变化，这项判断用于“适合怎样的研究问题”的6.1-1记录。需要实验设计、对照与独立验证来缩小解释范围，这项判断用于“这一点”的6.1-2记录。原始数据保持只读，派生结果按流程与版本存放，这项判断用于“这一点”的6.1B-1记录。样本表连接实验编号、文件名称、处理条件和负责人，是跨设备工作的核心索引，这项判断用于“这一点”的6.1B-2记录。先固定一项真实任务，再记录输入、操作和结果，避免同时改变客户端、账号与数据目录，这是“这一点”第6.1项验证动作。在实际研究中，第6组证据的第1项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
WGBS提供碱基分辨率的甲基化信息，ChIP-Seq描述特定蛋白质相关的富集区域，这项判断用于“这一点”的6.2-1记录。把两者对齐时，样本条件和坐标系统比图形颜色更重要，这项判断用于“这一点”的6.2-2记录。大型文件传输后使用校验值确认完整性，这项判断用于“这一点”的6.2B-1记录。同步工具显示完成，不代表每个文件内容都与来源一致，这项判断用于“这一点”的6.2B-2记录。比较前写明物种、细胞语境、实验方法和基因组版本，无法对齐的资料保持分开，这是“这一点”第6.2项验证动作。在实际研究中，第6组证据的第2项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。
分析流程应分别保存原始数据、质控结果、对齐文件、峰值或甲基化调用结果，以及最终合并表，这项判断用于“这一点”的6.3-1记录。每一层都要能回到前一层，这项判断用于“这一点”的6.3-2记录。交接记录要写明完成事项、未完成事项、异常和下一位负责人，这项判断用于“这一点”的6.3B-1记录。让别人能够继续工作，比留下更多没有解释的文件更重要，这项判断用于“这一点”的6.3B-2记录。复核时让另一位协作者沿记录找到来源、重复关键步骤，并标出仍然不能确认的部分，这是“这一点”第6.3项验证动作。在实际研究中，第6组证据的第3项现场判断必须保留条件，不能扩写成普遍承诺。