任务定义与标签
版本号只有和发布日期、来源、系统条件放在一起才有意义。更新前应记录当前版本、可工作的任务和配置位置，不能把一次顺利打开当成全部验证。
训练集和测试集隔离
转录因子是否偏好甲基化序列，需要区分直接结合实验、组学关联和计算预测。三类证据互相支持，却不具有相同的因果强度。
序列窗口与特征
联合分析可以提出更具体的问题，但不能自动证明甲基化导致结合变化。需要实验设计、对照与独立验证来缩小解释范围。
错误案例与外部验证
PWM用每个位置的碱基权重表达偏好，motif logo把权重转换为更容易观察的图形，结合序列则保留具体样本。三者不是彼此替代的文件。
模型解释的边界
跨细胞比较先寻找共同测量条件，再决定哪些差异能够解释。只比较峰值数量或图形高度，容易把技术偏差误认为生物机制。
版本记录和复现
部署模型前应保存训练数据版本、参数、代码环境和错误案例。模型更新后重新运行固定验证集，才能判断变化来自哪里。